... L'acqua è proprio dentro lo scafo, non nella seduta ... non capisco come ci sia entrata... 
... le vie d'acqua in una canoa come la tua possono essere molte ...
Prima di tutto ... di quanta acqua si parla? 1/2 bicchiere, un litro, ecc.
Poi controlla bene se le due parti (superiore e inferiore) sono ben saldate
controlla se le viti che fermano le maniglie o le reti portaoggetti sono passanti (NON dovrebbero esserlo ... ma è meglio controllare)
verifica eventuali tagli superficiali premendo con le mani: per vedere se invece di graffi si tratta di vere e proprie fessure.
Se hai solo poche gocce di liquido ... puoi anche lasciar perdere e fare delle prove in mare o lago per vedere di quanto varia questa acqua.
ultima risorsa (mi duole dirlo ... ma a volte è una soluzione definitiva):
se le infiltrazioni sono piccole e la riparazione (es. siliconare le viti) impossibili puoi acquistare un tappo a vite completo di sede (ne trovi di forme e dimensioni in tutti i negozi di nautica/kayak).
Fai un bel (dovrei dire un brutto) foro sulla estrema poppa della canoa (parte alta non facilmente immergibile) e almeno potrai togliere, a tuo piacere, la poca o molta acqua che entrerà ogni qual volta userai il tuo sit-on-top.
Se lavori bene e con attenzione questo piccolo tappo sarà simile a quello che tutti i kayak hanno nella zona poppiera ... e non disturberà ne' la funzionalità ne' l'aspetto esteriore.
Ciao
