Allora Marco,
mentre sulla costa istriana non mi pronuncio, perchè non l'ho mai visitata, sulle isole di Cherso, Lussino, Veglia e Pago posso darti indicazioni utili.
Innanzitutto il pericolo bora. Perchè di pericolo parliamo, non fastidio. Infatti le coste nord - orientali di queste isole sono tutte esposte alla bora, e gli approdi a volte sono molto distanti tra loro.
Se stai navigando a Cherso tra Faresina e Beli, per esempio, ti ritrovi a pagaiare per almeno 2 ore con una scogliera a picco da un lato ed il mare dall'altro. La bora si può alzare in mezz'ora, e quindi se sei partito senza consultare le previsioni meteo sei veramente nei guai.
Questo vale in generale per tutte le isole del Quarnero.
Sull'altro lato invece le cose vanno molto meglio. Se stai ben sottocosta riesci a navigare tranquillo, ma se devi passare un capo (restando a Cherso, ti può accadere per esempio tra Valun e Lubenizze, o a Lussino nel doppiare Capo Ossero) di nuovo ti esponi ai venti.
Da qui la necessità di consultare il meteo regolarmente e mettere in conto a volte di passare la giornata fermi ad aspettare condizioni più favorevoli.
Sconsiglio vivamente un kayak gonfiabile in quelle isole ventose .... molto più sicuro un K-mare rigido.
Per quanto concerne le traversate, considera che quella breve da te menzionata (Brestova - Faresina) richiede un'ora circa, da Punta Croce raggiungere Arbe o Pago è impensabile in kayak. Possibile invece da Merag raggiungere Veglia, ma con un occhio al meteo perchè richiederà almeno un paio d'ore.
In bocca al lupo, ciao!